李记开从昏迷中醒来，脑中一片空白，只记得自己的名字。为了找回失去的记忆，他循着模糊线索来到一家不起眼的“非凡事务所”，却被事务所负责人误认为是总部派来的王牌特工，强行拉入团队。

事务所表面上处理各种委托，实则暗中调查超自然犯罪事件。李记开在一次次任务中，展现出连自己都惊讶的战斗本能和推理能力，但每当触及关键线索，记忆就会剧烈刺痛。他逐渐发现，自己的失忆并非偶然，而是与事务所创始人“零号档案”直接相关。

与此同时，神秘组织“暗潮”不断追杀他，声称他手中握有能颠覆世界的“记忆密钥”。为了自保，也为了弄清真相，李记开与事务所成员——毒舌黑客小满、退役特工老周、神秘心理医生苏娅——并肩作战。然而，团队中似乎有人知晓他的过去，却刻意隐瞒。

在一次深入“暗潮”基地的行动中，李记开目睹了自己与敌首的合影，震惊之余，他意识到自己可能曾是“暗潮”的核心成员。记忆碎片开始拼凑：一场实验失败，导致他丧失记忆，而“非凡事务所”正是为了监视他而设立。

面对信任崩塌与身份倒错，李记开必须在真假之间做出抉择。他最终决定主动揭开“零号档案”，却发现真相远比想象中残酷——他既是拯救世界的钥匙，也是毁灭世界的开关。而唯一能终结这一切的，竟是他亲手封印的另一个自己。