《忍者神龟》新系列将观众带入纽约曼哈顿热闹市区的地下世界。这里生活着四只性格迥异的少年忍者龟——勇敢的莱昂纳多、冲动的拉斐尔、冷静的多纳泰罗和幽默的米开朗基罗，以及他们智慧的老师斯普林特——一只六英尺高的老鼠。

故事始于一场意外：身为人类的斯普林特不幸被一种神奇绿色物质辐射，变异为老鼠，而他随身携带的四只宠物龟也一同发生变异，获得了人形身躯与超凡智力。在斯普林特的悉心教导下，他们习得精湛忍术，并隐居在下水道中，默默守护着这座繁华都市。

随着城市中神秘犯罪势力抬头，忍者神龟们被迫走出地下，与邪恶的施莱德、克朗等敌人展开激烈对抗。他们不仅要面对强大的敌人，还要在人类社会中隐藏身份，平衡使命与生活。每一次战斗都考验着他们的勇气与团队默契，而兄弟间的羁绊与对正义的执着，让他们在黑暗中始终闪耀着光芒。

这是一部融合动作、幽默与温情的动画作品，展现了少年英雄的成长历程，以及守护家园、捍卫和平的永恒主题。