《忍者与杀手二人组的日常生活》改编自同名漫画，讲述从忍者之里叛逃的女忍者里子，在逃亡途中因饥饿和疲惫倒在了现代都市的街头。恰好路过的女高中生木叶将她带回家中，并提供了食物和住所。然而，里子很快被来自村子的追兵发现，木叶却以惊人的身手和冷酷的手段将追兵尽数解决，展现出她作为职业杀手的真实身份。

自此，里子以“报答救命之恩”为由，与木叶开始了同居生活。木叶白天是普通的高中生，夜晚则是冷酷的杀手；里子则一边努力适应现代社会的规则，一边试图用自己的忍者技能为木叶提供“帮助”，却常常闹出各种哭笑不得的意外。两人在互相试探、互相依赖的过程中，逐渐建立起一种奇特的默契与羁绊。

本作以轻松的日常喜剧为基调，穿插了紧张刺激的动作场面，以及对“杀手”与“忍者”两种职业的幽默解构。故事在展现两人笨拙又温馨的相处日常的同时，也逐步揭示木叶的过去与里子逃离村子的真正原因，为看似平静的生活埋下了暗流涌动的伏笔。