宇宙世纪0123年，地球圈的政治格局急剧动荡，新势力“克洛斯邦·班卡多”以突袭殖民卫星的方式向地球联邦宣战，史称“克洛斯邦·班卡多动乱”。故事始于3月16日，殖民卫星Frontier Side遭到突然袭击，平凡的少年西布克·阿诺在混乱中与青梅竹马塞西莉失散，并意外搭乘上联邦军秘密开发的最新锐MS——高达F91。

西布克在逃亡过程中逐渐觉醒为新人类，然而他面对的不仅是敌军的精锐部队，还有隐藏在战争背后的真相：克洛斯邦的领袖铁甲面竟是塞西莉的父亲，他企图利用“铁面具”计划将人类推向新的进化。高达F91搭载的“质量残像”系统与生物电脑，让西布克在一次次生死交锋中突破极限。

随着战火蔓延至宇宙要塞，西布克必须直面铁甲面的疯狂野心。最终，在3月30日的决战中，高达F91开启最大出力模式，以压倒性性能击破敌方旗舰，但西布克与塞西莉也面临了各自的命运抉择。影片以宏大的战争场面与细腻的人物情感，呈现了高达系列中独特的“少年英雄”悲歌。