故事舞台设定于战国时代，世间存在着各种魑魅魍魉、异形妖怪，它们被统称为「暗」。这些暗之物或危害人间，或潜藏于阴影之中，与人族形成微妙的平衡。然而，随着时代动荡，暗的势力逐渐膨胀，恶行频生。

妖狐小玉与仙道迅火虽为姐弟，却立场迥异。小玉天性喜爱人类，愿以温柔守护众生；迅火则因过往创伤而厌恶人类，崇尚以力量扫清罪恶。两人结伴同行，以各自的方式对抗为祸人间的暗，展开一场充满矛盾与救赎的除妖之旅。

与此同时，专门对付暗的僧侣组织「断怪众」也活跃于这片乱世。他们秉持斩尽一切暗的信念，与小玉和迅火的理念产生激烈碰撞。三方势力各怀目的，在一次次战斗中逐渐揭开暗的真相，以及迅火身世背后的惊人秘密。

随着千魔混沌篇的展开，人、妖、僧侣之间的恩怨纠葛愈发复杂，一场关乎世界存亡的混沌大战悄然逼近。姐弟二人的选择，将决定这片土地的未来走向。