《小飞龙剧场版》改编自手冢治虫经典漫画，以远古亚特兰蒂斯传说为背景，讲述飞龙族最后的血脉——少年阿钟的传奇故事。约5000年前，拥有高度文明的亚特兰大陆因波塞冬族的突袭而沉入海底，飞龙族惨遭灭族。首领在临终前将幼子托付给白海豚，使其在海洋中幸存并成长。

阿钟自幼与海洋生物为伴，却始终身世成谜。当他逐渐发现自己能听懂海豚语言、操控神秘力量时，波塞冬族的追兵也悄然逼近。在旅途中，他结识了人类伙伴，并得知波塞冬族企图利用亚特兰大陆的远古科技统治世界。阿钟必须穿越危险的海域，对抗拥有强大魔力的波塞冬战士，同时探寻自己身世背后的惊天秘密。

影片以瑰丽的海洋场景和充满想象力的生物设计著称，延续了手冢治虫作品中对人性与和平的深刻思考。阿钟的成长不仅是个人的复仇之路，更是对种族仇恨与文明冲突的反思。剧场版在经典TV版基础上，重新整合剧情，以更紧凑的节奏和精良的画面，呈现这场跨越五千年的宿命对决，带给观众视觉与情感的双重震撼。