《别巡检2》延续第一季的时代脉络，背景设定在1897年大韩帝国宣布国号之后。此时，高宗皇帝从俄罗斯公使馆返回王宫，自称皇帝，开启了大韩帝国时代。然而，表面上的国号更迭并未带来真正的安定，反而让汉城陷入更复杂的政治斗争与社会混乱之中。

别巡检调查队作为当时负责侦办重大案件的特别机构，在这样动荡的时局下，面对的不再仅仅是普通的刑事犯罪，还有与宫廷阴谋、外国势力渗透、新旧思想冲突交织的复杂案件。队员们在追查真相的过程中，屡屡触及权贵阶层的利益，甚至发现部分案件背后隐藏着动摇国本的巨大阴谋。

本季在案件设计上更加注重时代细节与人物心理的刻画，展现了朝鲜王朝末期向近代转型期间，社会各阶层在传统与现代夹缝中的挣扎。别巡检队员们既是秩序的维护者，也是时代变迁的见证者。他们凭借智慧与勇气，在风雨飘摇的帝国阴影下，寻找着属于正义的那一线光明。