《间谍过家家》第三季紧接前作剧情，西国顶级间谍“黄昏”为了完成任务，与杀手约尔及拥有读心能力的少女阿尼亚组成了临时家庭。本季中，阿尼亚在伊甸学园的学习生活迎来新挑战，她努力隐藏超能力的同时，也交到了新的朋友，并参与了学园的重要活动。

与此同时，“黄昏”接到了代号为“枭”的进阶任务，目标直指东国某位关键政要。任务难度远超以往，他必须在维持家庭伪装与执行任务之间艰难周旋。而约尔作为“荆棘公主”，也卷入了多起暗杀事件，其真实身份正逐渐逼近暴露的边缘。

随着东西两国谍战局势升级，三人的身份秘密如同走钢丝般危险。本季在延续轻松搞笑日常的同时，加入了更多紧张刺激的动作场面与悬疑转折。阿尼亚的读心能力多次成为化解危机的关键，而家庭成员间日益深厚的情感羁绊，也让他们在面对阴谋时展现出意想不到的默契与力量。

最终，一场围绕家庭与世界的阴谋浮出水面，三人的命运将迎来重大抉择，全新冒险就此展开。