《菜鸟囧探》聚焦于两位警校同窗曹毅与姜末，他们毕业后被分配到基层派出所，每日面对的是邻里纠纷、寻猫找狗等鸡毛蒜皮的琐事。两人心中始终燃烧着进入特警大队的梦想，却苦于无处施展拳脚。

一次偶然的出警任务中，他们发现辖区内一伙婚恋诈骗分子正以“高富帅”、“白富美”人设诱骗单身人士，受害者众多却苦于证据不足。曹毅和姜末主动请缨，伪装成“土豪”和“呆萌宅男”深入虎穴，试图收集犯罪证据。

然而，两人毫无卧底经验，闹出一连串令人捧腹的笑话：姜末因紧张说错“暗号”差点暴露身份，曹毅则被诈骗团伙的女头目“美人计”耍得团团转。在一次次“囧”态百出的交锋中，他们逐渐摸清诈骗团伙的运作模式，也意外发现幕后主使竟与一起未破旧案有关。

随着调查深入，两人从最初的莽撞冲动，到学会冷静分析、默契配合，最终在警队支援下成功捣毁诈骗窝点。他们不仅帮助受害者挽回损失，更用行动证明了“小片警”也能有大作为，实现了从菜鸟到合格警察的华丽转身。