《螺旋的迷宫：DNA科学搜查》以东京连环杀人案为起点，刑警安堂源次因妻子旧案与当前案件高度相似，被迫退出正式调查。但他无法坐视不理，转而与天才法医神崎莉奈联手，利用最前沿的DNA技术剖析现场遗留的微量证据。

随着调查深入，他们发现每具遗体上的“X”标记并非随机，而是指向一个精心设计的谜题。安堂在追查中不断回忆起妻子遇害的细节，而莉奈则试图从基因密码中找出凶手与受害者之间的隐秘联系。两人在科学理性与个人情感之间挣扎，逐步揭开了案件背后一个涉及医疗伦理与家族秘密的庞大阴谋。

剧情节奏紧凑，每集都通过DNA鉴定推进新线索，同时穿插安堂与莉奈的成长与信任建立。最终，真相指向一位意想不到的人，而安堂也必须直面自己是否准备好接受那个颠覆一切的答案。