《少林兄弟》讲述了一段发生在明末清初的江湖恩怨。游侠凌云长与科隆达同为少林门弟子，二人曾同门习武，感情深厚。然而时局变迁，科隆达身为满族亲王子弟，凭借身份与武功成为镇南大将军，效忠于清廷；而凌云长则心怀故国，以反清复明为毕生大业。两人虽情同手足，却因立场不同而渐行渐远。

科隆达深知凌云长的才能与抱负，多次力邀其归顺清廷，许以高官厚禄，但凌云长始终不为所动。两人在江湖与庙堂之间反复交锋，既有昔日同门情谊的羁绊，又有家国大义的抉择。影片通过这对师兄弟的恩怨纠葛，展现了乱世之中个人情感与民族大义的激烈碰撞。

作为一部经典武侠片，《少林兄弟》不仅呈现了精彩的少林功夫对决，更深入刻画了人物内心的矛盾与挣扎。影片在刀光剑影之外，探讨了忠诚、情义与信仰的复杂命题，是一部兼具动作观赏性与思想深度的武侠佳作。