唐朝初年，关中久旱不雨，朝廷在长安城外设坛祈雨，却突发异象：祭坛上方出现“千首妖”幻影，随后多名官员离奇死亡，民间恐慌四起。圣上为稳定局势，特赦死牢中聪慧过人的死刑犯独孤，命其限期查明此案。

独孤本为前朝遗孤，身负血海深仇，却因一桩冤案身陷囹圄。他凭借超凡的观察力与推理能力，从案发现场残留的符咒与祭器入手，发现“千首妖”并非鬼神作祟，而是有人利用光影术与机关傀儡制造的假象。随着调查深入，他结识了精通巫术的少女阿离，两人联手追踪线索，逐渐将矛头指向朝中权贵与神秘教派“玄冥教”。

与此同时，独孤发现自己的身世竟与这场阴谋紧密相连：当年灭门之祸的幕后主使，正是如今策划“千首妖”案的高层人物。对方企图借妖异之乱动摇皇权，进而扶持傀儡皇帝，掌控天下。在层层迷雾中，独孤必须在忠君、复仇与苍生之间做出抉择，而最终的真相，将颠覆整个大唐的根基。

影片以悬疑推理为主线，融合古装动作与心理博弈，通过“千首妖”这一超自然符号，折射出人性贪婪与权力欲望的深渊。每一次反转都暗藏伏笔，结局更是令人意想不到。